Film ini mengikuti petualangan Meg Murry, seorang gadis yang berjuang dengan rasa tidak percaya diri sejak ayahnya, seorang ilmuwan, menghilang secara misterius. Hidupnya berubah ketika ia bertemu tiga makhluk ajaib yang membawanya pada perjalanan melintasi ruang dan waktu.

Bersama adiknya, Charles Wallace, dan temannya, Calvin, Meg menjelajahi berbagai dunia aneh untuk menemukan ayahnya. Dalam perjalanan tersebut, mereka menggunakan kekuatan "tesseract", sebuah cara melipat ruang dan waktu untuk berpindah tempat dengan cepat.

Namun, perjalanan mereka tidak mudah. Mereka harus menghadapi kekuatan gelap bernama "The It", yang berusaha menguasai pikiran dan menyebarkan kegelapan ke seluruh alam semesta. Meg pun dipaksa menghadapi ketakutan dan keraguannya sendiri.

Di tengah bahaya, Meg menyadari bahwa kekuatan terbesarnya bukanlah kemampuan fisik, melainkan cinta dan keberanian. Dengan itu, ia berusaha menyelamatkan ayahnya sekaligus melawan kegelapan yang mengancam.

Pada akhirnya, perjalanan ini menjadi proses pendewasaan bagi Meg, yang belajar menerima dirinya dan menemukan arti kekuatan sejati dalam diri sendiri.