George dan Harold adalah dua sahabat yang gemar membuat komik, termasuk tokoh favorit mereka, Captain Underpants. Namun, kenakalan mereka di sekolah sering membuat kepala sekolah mereka, Mr. Krupp, kesal.

Suatu hari, Mr. Krupp berencana memisahkan mereka agar berhenti berbuat ulah. Panik, George menghipnotis Mr. Krupp hingga ia berubah menjadi sosok Captain Underpants yang polos dan konyol.

Awalnya, mereka memanfaatkan situasi ini, tetapi kekacauan mulai terjadi karena Captain Underpants tidak punya kendali diri. Mereka juga menemukan bahwa air bisa mengembalikannya menjadi Mr. Krupp.

Di sisi lain, guru sains baru yang aneh, Profesor Poopypants, ternyata punya rencana jahat untuk menghilangkan tawa di dunia. Ia menggunakan teknologi canggih untuk mengubah siswa menjadi makhluk tanpa emosi.

George dan Harold harus menghentikan rencana tersebut. Dengan bantuan Captain Underpants yang akhirnya mendapatkan kekuatan sungguhan, mereka berhasil mengalahkan musuh dan menyelamatkan sekolah.

Di akhir, mereka mengembalikan Mr. Krupp seperti semula, tetapi petualangan belum berakhir. Captain Underpants kembali muncul, menandakan aksi seru berikutnya akan segera dimulai.