Film aksi-komedi Confidential Assignment menghadirkan kolaborasi tak biasa antara detektif Korea Utara dan Korea Selatan dalam misi penuh bahaya.

Kisah dimulai dari Im Cheol-ryung, perwira elit Korea Utara, yang menyusup ke gudang pencetak uang palsu. Ia terkejut menemukan atasannya sendiri, Cha Ki-seong, berkhianat demi mencuri pelat induk pencetak uang. Baku tembak pun terjadi, menewaskan istri Cheol-ryung dan rekan-rekannya, sementara ia sendiri terluka parah.

Ki-seong melarikan diri ke Korea Selatan, membuat Cheol-ryung ditugaskan menangkapnya dan merebut kembali pelat tersebut dalam waktu tiga hari. Namun, pihak Korea Selatan curiga Cheol- ryung punya motif balas dendam, sehingga Detektif Kang Jin-tae ditugaskan mengawasinya.

Kerja sama mereka dimulai dengan penuh kecurigaan. Cheol-ryung bahkan sempat kabur setelah mengetahui dirinya diawasi. Meski begitu, keduanya akhirnya harus bekerja bersama saat memburu anak buah Ki-seong. Dari penyelidikan demi penyelidikan, termasuk perkelahian sengit dan aksi penyadapan, mereka semakin dekat dengan target.

Jin-tae yang awalnya hanya mengawasi, mulai memahami masa lalu Cheol-ryung dan memutuskan untuk benar-benar membantu. Mereka berhasil menemukan lokasi transaksi Ki-seong, tetapi situasi berbalik ketika sang buronan menculik keluarga Jin-tae sebagai sandera.

Demi menyelamatkan keluarganya, Jin-tae terpaksa bekerja sama penuh dengan Cheol-ryung. Dalam konfrontasi terakhir, mereka menyerahkan pelat tersebut untuk menyelamatkan sandera, lalu bertarung habis-habisan melawan Ki-seong. Pertempuran sengit itu akhirnya berujung pada kematian Ki-seong.

Setahun kemudian, Cheol-ryung dan Jin-tae kembali dipertemukan untuk menjalankan misi baru, menandai awal kerja sama yang lebih solid di masa depan.