Kerajaan Malaria yang dulu damai berubah miskin karena badai abadi yang tak pernah berhenti. Demi bertahan hidup, Raja Malbert mendorong para ilmuwan jahat menciptakan senjata penghancur untuk memeras negara lain. Sejak itu, Malaria dikenal sebagai negeri kelam tempat kejahatan berjaya, lengkap dengan ajang tahunan Evil Science Fair. Para ilmuwan dibantu para Igor, warga kelas dua bertubuh bungkuk yang hanya dianggap sebagai asisten.

Salah satu Igor bermimpi menjadi ilmuwan hebat. Ia bernama Igor, sosok cerdas yang diam-diam membuat berbagai ciptaan unik bersama dua temannya, Scamper si kelinci abadi yang ingin bunuh diri, dan Brain, otak dalam tabung yang justru kurang pintar. Igor harus menyembunyikan bakatnya dari majikannya, Dr. Glickenstein, ilmuwan ceroboh yang sering gagal. Di sisi lain, ilmuwan terkenal Dr. Schadenfreude terus menang lomba dengan mencuri ide orang lain dan berniat merebut tahta Raja Malbert.

Saat eksperimen terbaru Glickenstein berujung maut, Igor memanfaatkan kesempatan itu untuk menjalankan proyek impiannya. Ia menciptakan makhluk hidup raksasa dari berbagai potongan tubuh manusia. Namun hasil ciptaannya ternyata tidak menyeramkan seperti rencana awal. Monster perempuan itu justru lembut, ramah, dan kemudian diberi nama Eva. Bukannya ingin menghancurkan kota, Eva malah bercita-cita menjadi aktris panggung.

Schadenfreude melihat Eva sebagai senjata sempurna untuk menggulingkan raja. Ia menipu Eva dan membawanya ke ajang Evil Science Fair. Sementara itu, Igor dibuang ke pabrik daur ulang karena dianggap berkhianat. Setelah lolos, Igor menemukan rahasia besar bahwa badai abadi di Malaria ternyata diciptakan Raja Malbert sendiri untuk memeras uang dunia hingga miliaran dolar setiap tahun.

Di arena lomba, Eva diubah menjadi mesin penghancur dan mengamuk. Igor berusaha menyadarkannya, sementara teman- temannya menghancurkan alat pengendali cuaca. Saat langit cerah kembali, Eva pun sadar dan kembali baik hati. Kebohongan Raja Malbert terbongkar di depan rakyat, sementara Schadenfreude dipermalukan. Igor akhirnya diangkat menjadi pemimpin baru Malaria dan mengubah negeri itu menjadi republik yang damai serta penuh harapan.