Di Great Karoo, seekor zebra bernama Khumba lahir dengan tubuh hanya setengah belang. Karena berbeda dari zebra lain, ia dianggap pembawa sial saat kekeringan melanda. Khumba pun dijauhi kawanan, kecuali sahabatnya Tombi dan ibunya, Lungisa, yang selalu mendukungnya.

Suatu hari, Khumba menemukan petunjuk menuju sumber air misterius. Namun kesalahpahaman membuat kawanan semakin menyalahkannya. Setelah sang ibu meninggal, Khumba memutuskan pergi mencari tempat itu demi membuktikan dirinya. Dalam perjalanan, ia bertemu teman-teman baru seperti Mama V si wildebeest, Bradley si burung unta, dan Skalk si anjing liar.

Petualangan membawa mereka melewati berbagai bahaya, termasuk kejaran penjaga taman dan ancaman macan tutul ganas bernama Phango. Dari Elang Hitam, Khumba mengetahui bahwa sumber air yang dicarinya berada di gua Phango. Ia juga sadar bahwa Phango memburunya karena ramalan kuno tentang zebra setengah belang.

Sementara itu, ayah Khumba, Seko, menyesali sikapnya dan memimpin kawanan mencari air. Di dalam gua, Khumba akhirnya menemukan sumber air dan menyadari bahwa perbedaan bukan kelemahan, melainkan kekuatan. Saat Phango menyerang, pertarungan sengit terjadi hingga gua runtuh. Phango tewas, sementara Khumba selamat.

Hujan pun turun, kekeringan berakhir, dan kawanan zebra mendapat rumah baru. Khumba akhirnya diterima, sementara semua hewan hidup damai bersama di sekitar sumber air yang melimpah.