Film Missing Link mengikuti petualangan unik saat Mr. Link merekrut Sir Lionel Frost, seorang peneliti makhluk mitos, untuk membantunya menemukan tempat asalnya. Mr. Link, yang ternyata adalah makhluk legendaris yang cerdas dan ramah, ingin mencari kerabatnya yang diyakini berada di wilayah Himalaya.

Dalam perjalanan, mereka dibantu oleh Adelina Fortnight, seorang petualang tangguh yang memiliki peta menuju Shangri-La. Namun, perjalanan mereka tidak mudah karena dibayangi ancaman dari pihak-pihak yang ingin menggagalkan misi tersebut.

Seiring perjalanan, hubungan antara Mr. Link dan Sir Lionel berkembang dari sekadar kerja sama menjadi persahabatan yang tulus. Mereka akhirnya menyadari bahwa arti "rumah" bukan hanya soal tempat, tetapi juga tentang siapa yang menerima kita apa adanya.