Hathaway Noa menyamar sebagai seorang inspektur tanaman dan melakukan perjalanan dari kota bulan Von Braun menuju Hong Kong menggunakan pesawat Haunzen Flight 365. Namun, penerbangan tersebut dibajak oleh kelompok teroris yang mengaku sebagai Mafty.

Bersama Kolonel Federasi, Kenneth Sleg, Hathaway berhasil melumpuhkan para pembajak, hingga pesawat akhirnya mendarat darurat di Davao City. Saat ditahan untuk pemeriksaan, Hathaway bertemu dengan Gigi Andalusia, sosok misterius yang memberi isyarat bahwa ia mengetahui identitas asli Hathaway sebagai pemimpin Mafty.

Atas desakan Gigi, keduanya pun berbagi satu suite hotel. Demi mengalihkan kecurigaan, Hathaway merancang serangan Mafty menggunakan unit Mesa ke hotel tempat mereka menginap, dengan tujuan menciptakan kekacauan sekaligus meloloskan diri dari pengawasan Federasi.

Sayangnya, rencana tersebut gagal karena respons cepat pihak Federasi, dan salah satu pilot Mafty, Gauman, berhasil ditangkap. Setelah berhasil menghindari penyelidikan lebih lanjut, Hathaway kembali bergabung dengan sekutu Mafty yang bersembunyi di kepulauan terpencil.

Dengan bantuan peralatan mereka, Hathaway menerima Ξ Gundam di udara dari kapal kargo bernama 'Pizza' saat proses masuk kembali ke atmosfer. Di sisi lain, Kenneth yang mulai curiga akibat ucapan Gigi, melacak pergerakan Mafty dan semakin yakin akan identitas Hathaway.

Gauman yang tertangkap mengalami interogasi keras oleh Kenneth, bahkan dijadikan sandera di kokpit Penelope. Ketika Hathaway menerima Ξ Gundam di lapisan termosfer, ia langsung dihadang oleh pilot Federasi, Lane Aim, yang mengendarai Penelope. Dalam pertempuran sengit tersebut, Hathaway menyadari keberadaan Gauman dan mencoba membujuk Lane, yang akhirnya membiarkan Gauman dilepaskan. Gauman pun dipindahkan di udara ke dalam Ξ Gundam milik Hathaway.

Dengan taktik cerdik, Hathaway mengalihkan perhatian Lane menggunakan senapan yang dibuang, lalu melancarkan serangan mendadak dengan rudal yang menghantam Penelope hingga rusak parah, meski Lane berhasil selamat.

Hathaway bersama pasukan Mafty kemudian melarikan diri menggunakan kapal pendukung 'Valiant'. Pada bagian pascakredit, ditampilkan sekilas konflik berdarah yang terjadi di Oenpelli.