Film aksi samurai Rurouni Kenshin: The Final menghadirkan pertarungan emosional terbesar Kenshin melawan masa lalunya yang kelam.

Kisah dimulai ketika pemimpin mafia Shanghai, Yukishiro Enishi, datang ke Tokyo untuk membalas dendam kepada Himura Kenshin. Bersama para sekutunya yang juga menyimpan kebencian terhadap Kenshin, Enishi melancarkan serangkaian teror di kota, termasuk menembakkan meriam ke restoran Akabeko hingga menimbulkan banyak korban. Di lokasi serangan, Kenshin menemukan pesan bertuliskan "jinchū" atau “penghakiman manusia”.

Enishi kemudian menyerang orang-orang terdekat Kenshin, termasuk dojo dan markas kepolisian. Dalam konfrontasi langsung, Enishi mengungkap alasan kebenciannya, Kenshin telah membunuh kakak perempuannya, Yukishiro Tomoe.

Kenshin akhirnya membuka rahasia masa lalunya kepada Kaoru dan teman-temannya. Lima belas tahun sebelumnya, saat masih menjadi pembunuh bayaran kaum Imperialis, Kenshin jatuh cinta pada Tomoe, wanita yang ternyata awalnya berniat membalas dendam karena Kenshin membunuh tunangannya, Akira Kiyosato. Namun cinta tumbuh di antara mereka dan keduanya menikah. Tragisnya, saat sebuah penyergapan terjadi, Tomoe tanpa sengaja terbunuh oleh pedang Kenshin sendiri. Luka terakhir dari Tomoe membentuk bekas luka silang ikonik di pipi Kenshin.

Konflik semakin besar ketika Tokyo dibombardir oleh kelompok Enishi. Kaoru diculik, Sanosuke dihajar habis-habisan, dan banyak sekutu Kenshin terluka. Di tengah kekacauan itu, Kenshin memutuskan menghadapi Enishi demi menebus dosa masa lalunya.

Dengan bantuan teman-teman lama dan mantan musuhnya, Kenshin menyerbu markas mafia Shanghai. Pertarungan sengit pun terjadi hingga Kenshin memilih membiarkan dirinya ditusuk sambil meminta maaf kepada Enishi atas kematian Tomoe. Saat situasi memanas, Kaoru ikut terluka demi melindungi Kenshin. Momen tersebut akhirnya membuat Enishi sadar bahwa dendam tidak akan mengembalikan kakaknya.

Setelah ditangkap, Enishi membaca buku harian Tomoe dan memahami perasaan terakhir sang kakak, Tomoe rela mengorbankan dirinya agar Kenshin berhenti hidup sebagai pembunuh. Di akhir cerita, Kenshin dan Kaoru mengunjungi makam Tomoe. Kenshin mengucapkan terima kasih, meminta maaf, dan akhirnya siap meninggalkan masa lalunya untuk melanjutkan hidup.