Film aksi samurai Rurouni Kenshin: Final Chapter Part II - The Beginning menjadi kisah kelam yang mengungkap masa lalu tragis Himura Kenshin sebelum dikenal sebagai pengembara legendaris.

Berlatar era Bakumatsu di Kyoto, cerita mengikuti Himura Kenshin yang saat itu dikenal sebagai Hitokiri Battosai, pembunuh bayaran paling ditakuti dalam revolusi untuk menjatuhkan Keshogunan Tokugawa. Bekerja untuk kelompok Chōshū di bawah pimpinan Katsura Kogorō, Kenshin menjalani hidup penuh darah demi mewujudkan zaman baru.

Di tengah tugas membunuh lawan politik, Kenshin bertemu Yukishiro Tomoe, seorang wanita misterius yang perlahan mulai tinggal di penginapan tempat para revolusioner bersembunyi. Berbeda dari orang lain, Tomoe berani mempertanyakan alasan Kenshin membunuh demi "keadilan". Kedekatan mereka membuat Kenshin mulai memikirkan arti damai dan kehidupan normal.

Saat konflik politik memanas akibat Insiden Ikedaya, Kenshin dan Tomoe dikirim bersembunyi di desa terpencil dengan menyamar sebagai pasangan suami istri. Di sana, Kenshin mulai merasakan kehidupan sederhana sebagai petani dan perlahan jatuh cinta pada Tomoe. Ia bahkan berjanji akan berhenti membunuh setelah era baru dimulai.

Namun rahasia besar akhirnya terungkap. Tomoe ternyata memiliki hubungan dengan kelompok Yaminobu, organisasi pro-shogun yang ingin membalas dendam pada Battosai. Tunangan Tomoe di masa lalu rupanya adalah pria yang dibunuh Kenshin saat menjalankan misi. Meski awalnya mendekati Kenshin demi balas dendam, Tomoe justru benar-benar jatuh cinta padanya dan ingin melindunginya.

Tragedi tak terhindarkan terjadi ketika Kenshin menyerbu markas Yaminobu untuk menyelamatkan Tomoe. Dalam kondisi terluka dan kehilangan penglihatan akibat ledakan, Kenshin secara tak sengaja menebaskan pedangnya ke arah Tomoe yang sedang melindunginya dari musuh. Tomoe tewas di pelukan Kenshin setelah mengukir luka kedua di pipinya dengan belati, membentuk bekas luka silang ikonik yang selalu dibawanya.

Sebelum meninggal, Tomoe meminta maaf atas rasa sakit yang mereka lalui. Kenshin kemudian membaca buku harian Tomoe dan menyadari bahwa wanita itu telah berubah dari ingin membalas dendam menjadi mencintainya sepenuh hati.

Film ditutup dengan kemenangan pasukan Chōshū dalam Pertempuran Toba, Fushimi yang menandai lahirnya era Meiji. Meski diminta terus bertarung, Kenshin memilih meninggalkan pedangnya dan bersumpah tak akan membunuh lagi. Sejak saat itu, Battosai menghilang dan memulai perjalanan sebagai pengembara demi menebus dosa masa lalunya.