Film aksi-thriller The Berlin File menyuguhkan kisah penuh intrik tentang spionase internasional yang menegangkan di jantung kota Berlin.

Cerita bermula dari kesepakatan penjualan senjata ilegal yang melibatkan agen Korea Utara, Pyo Jong-seong, yang tiba-tiba gagal akibat serangan misterius. Pyo berhasil melarikan diri, namun ia justru menjadi tersangka dalam skenario yang lebih besar. Di sisi lain, agen intelijen Korea Selatan, Jung Jin-soo, memburu Pyo sambil mencoba mengungkap apakah ia agen ganda atau hanya korban jebakan.

Konspirasi semakin rumit karena melibatkan berbagai pihak, mulai dari jaringan intelijen global hingga organisasi teroris internasional. Pyo mulai mencurigai adanya pengkhianatan di dalam kedutaan Korea Utara sendiri, tempat istrinya, Ryun Jung-hee, bekerja sebagai penerjemah. Kecurigaan itu makin kuat saat Pyongyang mengirim agen kejam, Dong Myung-soo, untuk menyelidiki dan membersihkan siapa pun yang dianggap berkhianat.

Situasi memanas ketika Ryun dituduh membocorkan informasi rahasia. Pyo diberi waktu 48 jam untuk membuktikan kesetiaan istriny atau menyerahkannya. Meski hubungan mereka tampak dingin, Pyo memilih melindungi Ryun, apalagi setelah mengetahui bahwa istrinya sedang hamil. Ia yakin Ryun hanya dijadikan kambing hitam dalam permainan politik yang lebih besar.

Ketegangan memuncak saat keduanya menjadi target pembunuhan dan harus melarikan diri dari kejaran berbagai pihak, termasuk kelompok teroris yang diprovokasi Dong. Dalam pelarian penuh bahaya, Ryun akhirnya tertangkap, memaksa Pyo bekerja sama dengan Jung, dua musuh yang kini punya tujuan sama.

Aliansi rapuh itu membawa mereka ke konfrontasi terakhir. Dalam baku tembak brutal yang melibatkan banyak pihak, kebenaran terungkap, Dong adalah dalang utama di balik semua kekacauan. Pyo berhasil mengalahkannya, namun harus membayar mahal, Ryun tewas tertembak di tengah konflik.

Di akhir cerita, Jung menyadari bahwa kasus ini ditutup-tutupi oleh pihak berkuasa, dan Pyo dijadikan kambing hitam. Kini diburu oleh dua negara, Pyo harus hidup dalam bayang-bayang. Ia terlihat bersiap menuju Vladivostok, seolah memulai babak baru dalam hidup yang penuh ketidakpastian.