Kisah dibuka di Roma tahun 1516, saat Leonardo da Vinci melakukan eksperimen dengan alat mirip teleskop untuk mempelajari bulan dan mencari tanda-tanda kehidupan. Rasa penasarannya juga membawanya meneliti tubuh manusia demi memahami rahasia jiwa, yang membuat Paus murka dan memerintahkannya menghentikan penelitian tersebut.

Tak lama kemudian, Leonardo terlibat dalam urusan militer setelah kekalahan pasukan di Marignano. Namun alih-alih berperang, ia justru meyakinkan untuk berdamai dengan Francis I. Terkesan dengan kecerdasannya, sang raja mengundang Leonardo ke istana kerajaan di Prancis.

Di sana, Leonardo bersama asistennya, Cecco, mulai mengerjakan berbagai proyek. Ia juga bertemu Marguerite, yang tertarik pada pemikiran dan penelitiannya. Jauh dari pengawasan gereja, Leonardo kembali melanjutkan obsesinya mencari makna kehidupan dan jiwa manusia, bahkan hingga berhadapan dengan konsep kematian itu sendiri.

Dengan bantuan Marguerite, Leonardo mulai merancang "Kota Ideal", sebuah visi besar tentang peradaban yang lebih baik. Namun, proyek tersebut harus terhenti karena raja meminta Leonardo membuat berbagai penemuan untuk dipamerkan kepada tamu penting seperti Charles V dan Henry VIII .

Kondisi Leonardo semakin memburuk karena sakit. Di tengah tekanan dan konflik batin, ia tetap bersikeras mengungkap penelitiannya tentang jiwa, meski ditentang oleh asistennya sendiri. Dalam keadaan lemah, ia mengaku telah menemukan rahasia kehidupan itu sendiri.

Sebagai penutup, Leonardo mempersembahkan pertunjukan tentang tata surya dan alam semesta, menggambarkan pandangannya tentang kehidupan dan keberadaan manusia. Dalam momen yang puitis, ia seakan "terbang" menuju galaksi, memberi isyarat tentang akhir hidupnya dan warisan pemikirannya yang abadi.