Film aksi kriminal politik Cold War II melanjutkan ketegangan setelah operasi "Perang Dingin" yang mengguncang Kepolisian Hong Kong. Cerita dibuka dengan pemakaman dua pejabat senior polisi yang tewas dalam kasus sebelumnya. Tak lama setelah itu, Komisaris Sean Lau mendapat ancaman mengejutkan: istrinya diculik dan hanya akan dibebaskan jika ia membantu membebaskan Joe Lee dari penjara.

Karena panik dan ingin menyelamatkan istrinya, Lau melanggar prosedur resmi dengan memindahkan Joe secara diam-diam. Namun, rencana itu berubah kacau saat Joe berhasil kabur dengan bantuan kelompok bersenjata yang juga meledakkan bom di stasiun metro. Meski istrinya akhirnya ditemukan selamat, keputusan Lau menuai kritik keras dari media dan para politisi hingga memicu penyelidikan publik.

Merasa ada pengkhianat di tubuh kepolisian, Lau meminta bantuan Billy Cheung dari ICAC untuk membentuk tim investigasi independen. Di saat bersamaan, Wakil Komisaris MB Lee yang hampir pensiun ternyata terseret permainan politik gelap bersama mantan komisaris Peter Choi. Terungkap bahwa Choi adalah dalang berbagai kekacauan sebelumnya dan ingin menyingkirkan Lau agar kelompoknya bisa menguasai kepolisian Hong Kong.

Choi membangun jaringan rahasia berisi mantan polisi yang telah dipecat atau memalsukan kematian mereka sendiri. Ia juga memanfaatkan ambisi Lee dengan menjanjikan jabatan tinggi jika mau bekerja sama. Di tengah situasi panas itu, anggota legislatif Oswald Kan mulai curiga setelah melihat Lee justru menyerang Lau dalam sidang penyelidikan.

Penyelidikan semakin berbahaya ketika Bella Au, murid Kan, diam-diam membuntuti Lee dan Choi. Aksi itu berujung tragedi setelah mobilnya ditabrak hingga menyebabkan kecelakaan besar dan menewaskannya. Lau yang datang ke lokasi sempat terlibat baku tembak dengan kelompok Choi. Joe tertembak parah, tetapi Choi berhasil kabur.

Menjelang pengunduran dirinya sebagai komisaris, Lau melancarkan operasi besar untuk menangkap anak buah Choi. Ia sengaja meminta Lee memimpin operasi tersebut karena para pelaku adalah mantan polisi yang dulu bekerja di bawahnya. Operasi berjalan sukses, tetapi seluruh tersangka tewas, membuat Lee terpukul karena mereka adalah rekan lamanya.

Pada akhirnya, Lau dan Kan membongkar kejahatan Lee dan Choi kepada kepala eksekutif Hong Kong. Namun demi menjaga stabilitas politik, keduanya tidak dipenjara. Lee dipaksa pensiun, sementara Choi diasingkan dari Hong Kong tanpa pernah diadili secara terbuka. Lau tetap menjabat sebagai komisaris, tetapi konflik politik dan perebutan kekuasaan ternyata belum benar-benar berakhir.