Film Deleter mengikuti kisah Lyra (Nadine Lustre), seorang perempuan muda yang bekerja sebagai moderator konten di sebuah perusahaan media sosial misterius. Tugasnya adalah menyaring video dan unggahan mengerikan agar tidak tersebar ke publik.

Di kantor tersebut, para pekerja dikenal sebagai "deleter" atau penghapus. Mereka harus melihat berbagai konten sadis setiap hari, mulai dari kekerasan hingga kematian. Namun dibanding rekan-rekannya, Lyra dikenal paling dingin dan tampak tidak terpengaruh oleh gambar-gambar brutal yang ia saksikan.

Bosnya, Simon (Louise Delos Reyes), dan para rekan kerja menganggap Lyra memiliki mental kuat karena mampu bekerja tanpa menunjukkan emosi. Padahal di balik sikap tenangnya, Lyra sebenarnya menyimpan trauma mendalam dari masa lalu yang terus menghantuinya.

Semakin lama bekerja, batas antara dunia nyata dan trauma psikologis mulai kabur bagi Lyra. Ia perlahan merasa terjebak dalam rasa takut, paranoia, dan bayangan kelam yang terus muncul akibat tekanan pekerjaan serta luka batin yang belum sembuh.

Deleter menghadirkan thriller psikologis yang menegangkan tentang dampak kesehatan mental di balik dunia moderasi konten digital, sekaligus menggambarkan bagaimana seseorang berusaha menghapus rasa sakit dari hidupnya sendiri.