Film aksi samurai Rurouni Kenshin Part I: Origins mengikuti perjalanan Himura Kenshin, mantan pembunuh legendaris era perang yang berusaha meninggalkan masa lalunya dan menjalani hidup damai.

Cerita dimulai setelah kemenangan pasukan Imperialis di Pertempuran Toba- Fushimi. Hitokiri Battōsai, pembunuh paling ditakuti saat perang, memutuskan berhenti membunuh dan meninggalkan pedangnya. Namun, namanya kembali muncul ketika seorang pembunuh lain bernama Udo Jin-e menggunakan identitas Battōsai untuk meneror Tokyo.

Sepuluh tahun kemudian, Kenshin hidup sebagai pengembara dengan pedang bermata terbalik yang ia gunakan agar tidak membunuh lawan. Di Tokyo, ia bertemu Kamiya Kaoru, pemilik dojo kendo yang percaya Kenshin adalah Battōsai palsu yang mencemarkan nama sekolah keluarganya. Setelah mengetahui bahwa Kenshin justru melindungi orang-orang tanpa membunuh, Kaoru mulai mempercayainya dan mengizinkannya tinggal di dojo.

Di saat yang sama, seorang wanita bernama Takani Megumi melarikan diri dari Takeda Kanryū, pengusaha licik yang memproduksi opium ilegal. Megumi diburu oleh Jin-e, pembunuh sadis bawahan Kanryū yang akhirnya mengetahui identitas asli Kenshin sebagai Battōsai legendaris.

Konflik semakin besar ketika Kanryū berusaha merekrut Kenshin menjadi anak buahnya, namun ditolak. Kenshin kemudian dibantu Kaoru, Yahiko, dan petarung jalanan Sagara Sanosuke untuk menghadapi jaringan kriminal Kanryū yang meracuni warga demi menguasai wilayah sekitar dojo.

Pertarungan memuncak saat Kenshin menyerbu markas Kanryū dan menghadapi senapan Gatling milik sang pengusaha. Setelah Megumi berhasil diselamatkan, Jin-e menculik Kaoru untuk memancing sisi gelap Battōsai dalam diri Kenshin. Dalam duel sengit, Jin-e melumpuhkan Kaoru dan memaksa Kenshin membunuh demi menyelamatkannya.

Kenshin hampir kembali menjadi pembunuh, tetapi Kaoru berhasil menghentikannya. Jin-e akhirnya memilih bunuh diri, sementara Kenshin kembali ke dojo dalam keadaan terluka. Di akhir cerita, Kaoru merasa lega karena Kenshin memilih tetap tinggal dan tidak meninggalkan kehidupan damainya.

Film ini memadukan aksi samurai, drama emosional, dan perjuangan seorang mantan pembunuh untuk menebus dosa masa lalunya.