Film aksi samurai Rurouni Kenshin: The Legend Ends melanjutkan perjuangan Himura Kenshin dalam menghadapi musuh paling berbahaya, Shishio Makoto, yang berniat menggulingkan pemerintahan Meiji.

Cerita dibuka dengan kilas balik saat Hiko Seijuro menemukan Shinta kecil, nama asli Kenshin dan menjadikannya murid sekaligus penerus teknik pedang Hiten Mitsurugi. Di masa kini, Kenshin terbangun di kediaman gurunya setelah pingsan selama tiga hari dan mengira Kaoru telah meninggal. Demi menghentikan Shishio, Kenshin meminta Hiko mengajarinya teknik rahasia terakhir, Amakakeru Ryu no Hirameki.

Sementara itu, Shishio mulai meneror pemerintah dengan kapal perang lapis baja miliknya. Ia menuntut pemerintah menyerahkan Battousai, atau ia akan membongkar rahasia pembunuhan politik yang pernah dilakukan pemerintah Meiji. Situasi membuat Kenshin kembali diburu sebagai mantan pembunuh legendaris era Bakumatsu.

Di tengah latihan keras bersama Hiko, Kenshin akhirnya menyadari kelemahannya: ia telah kehilangan keinginan untuk hidup karena terus merasa bersalah atas masa lalunya. Hiko menegaskan bahwa kekuatan sejati lahir dari tekad untuk bertahan hidup demi orang lain. Dari sanalah Kenshin berhasil menguasai teknik terakhirnya.

Di sisi lain, Kaoru ternyata masih hidup dan berhasil sadar dari koma. Bersama Yahiko dan Sanosuke, ia kembali ke Tokyo. Kenshin juga harus menghadapi Shinomori Aoshi dalam duel emosional yang dipenuhi penyesalan dan pengorbanan.

Sesampainya di Tokyo, Kenshin langsung ditangkap pemerintah. Namun, eksekusi yang diumumkan ternyata hanya sandiwara untuk memancing anak buah Shishio keluar. Dengan bantuan Saito dan Sanosuke, Kenshin menuju kapal perang Shishio untuk pertarungan terakhir.

Di kapal itu, Kenshin kembali berhadapan dengan Sojiro dan berhasil menang. Pertarungan puncak pun terjadi saat Kenshin, Saito, Sanosuke, dan Aoshi bersama-sama melawan Shishio. Meski sangat kuat, tubuh Shishio ternyata memiliki batas karena ia tidak bisa berkeringat dan hanya mampu bertarung selama 15 menit.

Dalam duel terakhir yang penuh amarah dan ideologi, Kenshin akhirnya menggunakan teknik Amakakeru untuk mengalahkan Shishio. Tubuh Shishio yang terlalu panas akhirnya terbakar hingga tewas di atas kapal yang ikut tenggelam.

Setelah semuanya berakhir, Kenshin diakui sebagai pahlawan, sementara identitas Battousai dianggap telah "mati". Kenshin pun memilih meninggalkan masa lalunya dan kembali hidup damai bersama Kaoru di dojo, membuka lembaran baru di era yang lebih tenang.