Film romantis fantasi Secret menghadirkan kisah cinta penuh misteri yang dibalut alunan piano dan perjalanan waktu.

Cerita berpusat pada Ye Xianglun, seorang pianis muda berbakat yang pindah ke Sekolah Menengah Tamkang pada tahun 1999, tempat ayahnya mengajar. Suatu hari, saat berkeliling sekolah bersama teman sekelasnya, Qingyi, Xianglun mendengar melodi piano misterius dari gedung musik lama yang akan segera dirobohkan. Melodi itu membawanya bertemu dengan Lu Xiaoyu, siswi pendiam yang memainkan lagu berjudul "Secret".

Sejak pertemuan itu, hubungan Xianglun dan Xiaoyu semakin dekat. Mereka sering menghabiskan waktu bersama di ruang latihan piano maupun berjalan-jalan di sekitar kota. Benih cinta tumbuh di antara keduanya, hingga mereka berbagi ciuman pertama setelah Xianglun memenangkan partitur musik langka untuk Xiaoyu dalam kompetisi sekolah.

Namun, kebahagiaan itu perlahan berubah menjadi misteri. Xiaoyu sering menghilang tiba-tiba dan tidak pernah benar-benar terlihat oleh orang lain. Situasi makin rumit ketika Xiaoyu salah paham melihat Xianglun tanpa sengaja mencium Qingyi. Setelah kejadian itu, Xiaoyu menghilang sepenuhnya.

Saat mencoba mencari jawaban, Xianglun menemukan fakta mengejutkan, Xiaoyu sebenarnya berasal dari tahun 1979. Dua puluh tahun sebelumnya, Xiaoyu menemukan partitur musik berjudul "Secret" di piano tua sekolah. Lagu itu ternyata memiliki kemampuan membawa pemainnya melintasi waktu, asalkan dimainkan dengan tempo tertentu.

Selama berada di masa depan, Xiaoyu hanya bisa dilihat oleh orang pertama yang ia temui setiap kali melakukan perjalanan waktu. Karena itulah orang-orang menganggap Xianglun selalu sendirian. Ayah Xianglun yang dulu menjadi guru Xiaoyu bahkan mengira gadis itu mengalami gangguan mental ketika mendengar ceritanya tentang perjalanan waktu.

Di hari kelulusan, Xianglun akhirnya memahami semuanya. Demi bertemu kembali dengan Xiaoyu, ia berlari menuju gedung piano yang sedang dihancurkan dan memainkan lagu "Secret" di piano tua itu secepat mungkin. Di tengah reruntuhan bangunan, Xianglun terus memainkan nada terakhir sebelum bola penghancur menghantam gedung tersebut.

Film ditutup dengan adegan hangat saat Xianglun berhasil kembali ke tahun 1979 dan bertemu lagi dengan Xiaoyu. Foto kelulusan sekolah pun memperlihatkan mereka berdiri berdampingan, menandakan cinta mereka akhirnya menyatu melampaui waktu.