Dalam film Secret Magic Control Agency, sebuah kerajaan fantasi diguncang oleh hilangnya sang Raja yang diculik oleh makanan hidup hasil sihir hitam. Untuk mencegah kepanikan, Perdana Menteri diam-diam meminta Badan Pengendalian Sihir Rahasia atau SMCA menyelidiki kasus tersebut. Agen Gretel (Alyson Leigh Rosenfeld) ditugaskan menjalankan misi bersama kakaknya, Hansel (Nicholas Corda), seorang penipu yang pernah diasingkan tetapi memiliki kemampuan luar biasa dalam memecahkan teka-teki.

Penyelidikan mereka membawa keduanya ke sebuah toko kue misterius yang dipenuhi makanan hidup dan ramuan sihir. Setelah terkena ekstrak vanila ajaib, Hansel dan Gretel berubah menjadi anak-anak. Karena tak ada yang mempercayai identitas mereka, keduanya terpaksa mencari bantuan dari Baba Yaga dan menelusuri jejak sihir hingga ke rawa-rawa yang dihuni para putri duyung.

Petualangan itu mengungkap dalang di balik penculikan Raja, yaitu Ilvira (Erica Schroeder), mantan koki kerajaan yang ingin merebut takhta dan memperoleh kekuatan sihir terbesar di negeri tersebut. Ilvira menggunakan ramuan ajaib untuk membuat Raja jatuh di bawah pengaruhnya dan merencanakan pernikahan demi menguasai kerajaan sepenuhnya.

Saat terjebak dalam oven raksasa milik Ilvira, Hansel dan Gretel akhirnya menyelesaikan konflik lama mereka. Gretel menyadari pengorbanan besar sang kakak yang selama ini diam-diam membiayai pendidikannya, sementara Hansel merasa dihargai kembali sebagai keluarga. Setelah berdamai, mereka bekerja sama menyusun rencana untuk menghentikan Ilvira.

Dalam pertarungan terakhir di pesta pernikahan kerajaan, Hansel dan Gretel berhasil mendapatkan kembali penawar racun dan menggagalkan rencana Ilvira. Sang penyihir akhirnya kalah dan kerajaan pun terselamatkan. Atas jasanya, Gretel dianugerahi gelar Agen Terbaik SMCA, sementara Hansel mendapat pengakuan resmi. Sejak saat itu, kakak beradik tersebut memutuskan untuk menjalankan misi bersama sebagai tim.