Di Laut Mediterania, seorang pria Amerika ditemukan terapung dengan dua luka tembak di punggungnya dan diselamatkan nelayan Italia. Setelah dirawat, terungkap kalau ia mengalami amnesia total.

Meski begitu, ia fasih berbicara dalam beberapa bahasa. Sebuah alat proyektor laser kecil yang tertanam di pinggulnya memunculkan nomor brankas bank di Zurich, bikin pria misterius ini berangkat ke sana buat mencari petunjuk jati dirinya.

Di dalam brankas, ia menemukan berbagai mata uang, beberapa paspor dan identitas dengan nama berbeda, serta sebuah pistol. Ia membawa semuanya kecuali senjata, lalu memakai nama di paspor Amerika: Jason Bourne.

Tak lama setelah Bourne pergi, pegawai bank menghubungi Operation Treadstone, program operasi rahasia CIA. Pimpinan mereka, Alexander Conklin, langsung mengaktifkan peringatan ke polisi dan menugaskan tiga agen, Castel, Manheim, dan Professor, untuk membunuh Bourne.

Di sisi lain, Wakil Direktur CIA Ward Abbott menekan Conklin terkait misi pembunuhan yang gagal terhadap diktator Afrika yang hidup di pengasingan, Wombosi. Bourne sendiri berhasil menghindari polisi Swiss dengan masuk ke Konsulat Amerika menggunakan paspor AS, tapi malah dikejar oleh marinir penjaga.

Bourne kabur dengan menawarkan USD 20.000 kepada Marie Kreutz, perempuan Jerman berusia 26 tahun yang ia temui di konsulat, agar mau mengantarnya ke Paris. Dari sebuah apartemen, Bourne menelepon hotel untuk mengecek nama- nama di paspornya.

Salah satu nama, John Michael Kane, ternyata sudah meninggal dua minggu sebelumnya akibat kecelakaan mobil. Agen Castel kemudian menyergap Bourne dan Marie di apartemen itu, tapi Bourne berhasil unggul. Menolak ditangkap dan diinterogasi, Castel memilih melompat keluar jendela hingga tewas.

Saat memeriksa barang-barang Castel, Marie menemukan poster buronan bergambar Bourne dan dirinya. Meski kaget, Marie akhirnya setuju membantu Bourne. Mereka kabur dari kejaran polisi dengan mobil Marie dan menghabiskan malam di sebuah hotel di Paris.