The Eken Ruddhaswas Rajasthan kembali menghadirkan Anirban Chakrabarti sebagai Eken Babu bersama Somak Ghosh sebagai Promotho dan Suhotra Mukhopadhyay sebagai Bapi dalam petualangan misteri bernuansa budaya. The Eken Ruddhaswas Rajasthan dibuka dengan suasana liburan santai ketika Eken Babu, Bapi, dan Promotho menikmati waktu mereka di Rajasthan. Mereka menginap di rumah Sayan, kakak Bapi, bersama istrinya Anusuya, di kota Jaisalmer yang kaya sejarah dan pesona gurun.

Di tengah agenda wisata lokal, ketiganya bertemu Shatadru Ghosh, seorang profesor arkeologi dari Oxford University. Shatadru berada di Jaisalmer atas undangan muridnya, Rajyashri Sen, yang bekerja sebagai kurator Museum Jaisalmer. Dari pertemuan inilah misteri bermula. Shatadru mengungkap kecurigaannya kepada Eken Babu mengenai sebuah patung Natesa bernilai tinggi yang pernah ia lihat di London. Setelah menelusuri katalog Tarokiv Auction House, ia menduga banyak artefak yang dilelang berasal dari India, khususnya Rajasthan, dan kemungkinan besar diselundupkan secara ilegal.

Rasa ingin tahu Eken Babu membawanya bertemu Rajyashri dan kekasihnya, Sumanta, seorang pria Bengali yang menjabat sebagai administrator museum. Dengan ketajaman instingnya, Eken Babu memeriksa patung Natesa di museum dan menemukan fakta mengejutkan bahwa patung tersebut hanyalah tiruan. Belum sempat mencerna temuan itu, kabar buruk datang. Patung banteng Kalibangan yang sangat terkenal dan berharga tiba-tiba menghilang dari museum.

Kita diajak mengikuti penyelidikan Eken Babu yang semakin kompleks. Ia menyimpulkan bahwa baik patung Natesa maupun patung banteng Kalibangan telah diselundupkan keluar negeri. Kecurigaan mengarah pada Sumanta, yang terbukti berbohong tentang keberadaannya pada malam hilangnya patung banteng tersebut. Polisi pun menangkap Sumanta atas tuduhan pencurian dan penyelundupan. Namun, Sumanta bersikeras bahwa patung yang ia selundupkan hanyalah replika, bukan yang asli. Di saat yang sama, Eken Babu juga mulai mencurigai Shatadru Ghosh, yang diduganya bukan profesor asli dan memiliki motif tersembunyi.

Situasi semakin genting ketika Rajyashri tiba-tiba menghilang. Ia sempat menghubungi Ananda Gupta, seorang profesor kimia yang dikenal sebagai kolektor dan pelestari artefak, untuk meminta bantuan. Ananda kemudian mengungkapkan kepada Eken Babu dan polisi bahwa Rajyashri pernah datang ke rumahnya sebelum menghilang. Dari Ananda pula terungkap kebenaran penting. Rajyashri telah menukar patung banteng Kalibangan asli dengan replika karena sudah mencium rencana pencurian.

Ananda menyerahkan secarik catatan yang ditinggalkan Rajyashri. Eken Babu menyadari bahwa catatan tersebut adalah teka-teki penuh petunjuk untuk menemukan lokasi patung asli. Waktu menjadi musuh terbesar, karena semakin lama teka-teki itu tak terpecahkan, semakin besar risiko artefak berharga itu jatuh ke tangan yang salah.