The Kerala Story menghadirkan kisah kelam tentang Shalini Unnikrishnan yang diperankan Adah Sharma, bersama Nimah Matthew yang dimainkan Yogita Bihani, Asifa yang diperankan Sonia Balani, dan Gitanjali yang dibawakan Siddhi Idnani. Film ini dibuka dengan sosok Fatima yang ditangkap di perbatasan Afghanistan dan Iran dengan tuduhan terorisme. Dalam proses interogasi, ia mengungkap identitas aslinya sebagai Shalini, seorang perempuan muda asal Kerala yang hidupnya berubah drastis akibat proses pencucian otak dan radikalisasi.

Cerita lalu mundur ke beberapa bulan sebelumnya. Shalini digambarkan sebagai gadis Hindu yang tinggal bersama ibu dan neneknya di Kerala. Demi mengejar masa depan, ia pindah ke kota untuk menempuh pendidikan keperawatan. Di sana, ia bertemu tiga teman baru dengan latar belakang berbeda. Nimah seorang Kristen, Gitanjali sesama Hindu, dan Asifa yang beragama Islam. Awalnya, keempatnya terlihat akrab dan saling mendukung sebagai perantau muda yang sedang membangun mimpi.

Namun, perlahan situasi berubah. Asifa mulai menunjukkan pengaruhnya dengan pandangan ekstrem, menanamkan keyakinan bahwa hanya ada satu agama dan satu Tuhan yang benar. Ia kerap menakut nakuti dengan narasi keselamatan dan hukuman akhirat. Bersama Abdul dan Rameez, Asifa menciptakan lingkungan penuh tekanan psikologis yang membuat Shalini dan Gitanjali semakin terisolasi dari dunia luar.

KLovers, perubahan Shalini terasa makin jelas saat ia dan Gitanjali mulai mengenakan hijab dan menerima ideologi yang ditanamkan kelompok tersebut. Di sisi lain, Nimah yang mulai merasa ada yang tidak beres memilih menjauh. Keputusannya untuk keluar dari lingkaran pertemanan itu menjadi sinyal bahaya yang sayangnya terlambat disadari Shalini.

Shalini kemudian terlibat hubungan asmara dengan Rameez dan mendapati dirinya hamil. Dalam kondisi tertekan, ia dipaksa berpindah keyakinan. Janji perlindungan berubah jadi pengkhianatan ketika Rameez meninggalkannya sesuai rencana kelompok. Shalini lalu didorong menikah dengan Ishaq, dengan iming iming masa depan aman bagi dirinya dan anak yang dikandung. Pada momen pernikahan, ibunya berusaha keras menghentikan dan membawanya pulang, namun Shalini yang telah terindoktrinasi menolak dan pergi, meninggalkan luka mendalam bagi keluarganya.

Tanpa ia sadari, pernikahan tersebut hanyalah tahapan lanjutan dari rencana besar. Saat bulan madu di Sri Lanka, ponselnya disita. Alih alih kembali ke India, ia justru dibawa ke Pakistan dan diselundupkan melintasi berbagai perbatasan. Perjalanan penuh kekerasan dan manipulasi itu berujung di Suriah, tempat Shalini dipaksa menjalani pelatihan dan diarahkan menjadi pelaku bom bunuh diri. Hidupnya sepenuhnya dikuasai agenda ekstrem yang menghapus identitas dan kebebasan dirinya.