Codename 13, seorang pembunuh bayaran berusia 17 tahun yang dikenal sebagai Shadow, merupakan anggota dari sebuah organisasi internasional para pembunuh. Dalam misi di Jepang, ia berhasil mengeksekusi target utamanya, pemimpin sebuah klan kriminal.

Namun, 13 menjadi linglung setelah tanpa sengaja membunuh seorang warga tak bersalah dan akhirnya tak sadarkan diri. Umbra, mentornya, datang untuk menghabisi sisa anggota klan dan menyelamatkannya. Karena kehilangan fokus dalam misi, Umbra menghukum 13 dengan skorsing dan pelatihan psikologis ulang di Jakarta. Sementara itu, Umbra sendiri ditugaskan menjalankan misi di Kamboja oleh sang Handler.

Selama masa skorsing, 13 terus dihantui mimpi buruk tentang kematian ibunya dan rutin melapor kepada Handler-nya, yang memintanya untuk tetap minum obat dan menunggu instruksi berikutnya. Di Jakarta, 13 berkenalan dengan Monji, bocah 11 tahun, dan ibunya, Asti, yang tinggal di sebelah rumah aman miliknya.

Asti bekerja sebagai pekerja hiburan untuk Haga, seorang pedagang manusia sekaligus pemilik klub malam Moonrose. Suatu malam, 13 menyaksikan Haga dan anak buahnya menyerang Asti dan Monji, namun ia memilih tidak ikut campur. Keesokan paginya, Asti ditemukan tewas karena overdosis, sementara detektif Prasetyo datang memperingatkan Monji akan bahaya yang mengintainya.