The Bokushi menghadirkan sebuah program khusus bagi para veteran perang Amerika Serikat yang tengah kehilangan arah dan berusaha menemukan makna hidup baru setelah masa tempur. Namun, keberhasilan program ini justru menimbulkan kekhawatiran pemerintah. Dari sana lahir para Shinjas sekelompok orang yang terlatih dengan disiplin tinggi, bersenjata lengkap, serta memiliki kesetiaan tanpa batas hingga membuat program yang semula tampak sebagai jalan penyembuhan berubah menyerupai sebuah sekte berbahaya.