Setelah ayahnya, Lord Richard Croft, menghilang tanpa jejak, Lara Croft menjalani hidup sederhana sebagai kurir sepeda sambil menolak kenyataan bahwa sang ayah mungkin telah tiada. Suatu hari, ia ditangkap polisi setelah kecelakaan di jalan, namun diselamatkan oleh Ana Miller, rekan bisnis mendiang ayahnya. Ana mendesaknya untuk menerima warisan keluarga agar Croft Manor tidak dijual, tetapi Lara masih yakin bahwa ayahnya masih hidup.

Setelah akhirnya menerima warisan itu, Lara menemukan ruangan rahasia di makam ayahnya dan sebuah rekaman video yang berisi pesan peringatan. Richard meneliti legenda Himiko, Ratu Yamatai yang diyakini memiliki kekuatan menguasai hidup dan mati. Richard memohon agar semua penelitiannya dimusnahkan, namun Lara justru memutuskan untuk mencari kebenaran di baliknya.